Dans le Codex, Altaïr raconte toutes les découvertes qu’il a effectuées grâce à son Fragment d’Eden suite aux évènements d’Assassin’s Creed.
Des descriptions de mécanismes et de techniques de combat partagent la vedette avec des réflexions plus personnelles sur des sujets multiples - car le Codex est aussi et avant tout un journal intime.